南北朝时期梁国民间设立“收养疠疾”，而且“男女别坊”，成为我国民办病坊的最早记载。晋代规定“朝臣家有时疾染易三人以上者，身虽无病，百日不得入宫”，说明当时已经采取对密切接触但尚未发病者的隔离措施，当属瘟疫中为切断传染源而采取隔离措施的最早文献记载。唐代沿袭了隋代的疫病隔离制度，如释道宣《续高僧传》中记载：“疠人坊：又收养疠疾，男女别坊，四时供承，务使周给。”

东晋葛洪《肘后备急方》记载了较多防治疫病的治法和方剂，剂型和药物使用方法都十分丰富。首先提出了空气消毒法，以雄黄、雌黄、朱砂等药物制成药囊佩戴于胸前、挂于门户、烧烟熏居所的防治疫病的方法对后世影响很大。隋代对瘟疫的认识和论述以巢元方《诸病源候论》为代表，将瘟疫的病原称做“乖戾之气”，即不正常的运气。《诸病源候论·伤寒病诸候下·伤寒令不相染易候》所载“伤寒之病，但人有自触冒寒毒之气生病者，此则不染着他人……人感其乖戾之气而发病者，此则多相染易。故须预服药，及为方法以防之”，将疾病的传染性作为伤寒和温疫的鉴别点，发病因素是“岁时不和，温凉失节”，即气候异常，病因是人感“乖戾之气”，病变特点是传染性，并且致病性强，预后差，应采取的措施是预先服用药物或用其他方法预防，明确提出了具有传染性的瘟疫的发病因素、病因、传染性及预防措施。

唐代孙思邈《备急千金要方》认为，虽然疫病的发生不能避免，但“能以道御之”，因而收录并创立了较多预防疫病的处方、以脏腑辨证为纲领的“五大温证”说，对病机、症状及方剂治疗作了详细论述，构建了比较完整的温病辨证论治体系。王焘《外台秘要·温病论病源》所载“冬时伤非节之暖，名为冬温之毒……人感乖候之气，未遂发病，至春或被积寒所折，毒气不得泄，至天气暄热，温毒始发”，指出冬温之毒与普通伤寒完全不一样，是“天行之病”，发病因素是冬节应寒而暖，即非其时而有其气，病因是“人感乖候之气”，为后世医家对该病的认识提供了理论依据。