新型冠状病毒肺炎的病位在肺，涉及膜原、脾、胃，逆传心包，延及心、肾。基本病机为疫毒外侵，正气亏虚，肺脏受邪，耗气伤阴。病机特点为“湿、热、瘀、毒、虚”。具体发病与病机还与患者所处地域、当地气候、个人体质等密切相关，即传统医学所言“三因制宜”。

早中期患者病机一般为“疫邪犯肺，郁而化热”。疫邪为患，湿毒挟时气（如风、寒、热）侵犯人体，从口鼻而入，直接犯肺。《临证指南医案》卷四指出肺的生理特性为“其性恶寒、恶热、恶燥、恶湿，最畏火、风。邪著则失其清肃之令，遂痹塞不通爽矣”。因此，肺受邪著，尤其湿邪性质重浊、黏滞，人体气机升降出入受阻，郁而化热，故出现“疫邪犯肺，郁而化热”等病理变化。新型冠状病毒肺炎患者，以发热、干咳、乏力为主要临床表现，少数患者伴有咽痛、鼻塞、流涕、肌痛和腹泻等症状。患者新感湿毒疫邪，自口鼻而入，首先犯肺，使得肺卫失于宣发，肺气上逆而致干咳；气不化津，生成水饮痰瘀等病理产物，邪气闭肺亦可致咳喘；卫阳受郁，邪正交争，郁而发热；热盛而耗气致虚或湿邪阻滞气机，均可导致乏力，但新型冠状病毒肺炎所致乏力原因以后者更为多见；湿为阴邪，遏伤阳气，阻滞气机，而致肌痛；湿阻脾胃，则会出现纳差、腹胀满、腹泻、便溏等胃肠道症状。若人体正气充足，邪有出路，肺闭郁热得解者，不转化为重症及危重症。

邪伏膜原是《温疫论》中提到的温疫的一个重要病机。疫邪侵袭，伏于膜原，未发之时，症状较轻，甚至无任何表现，这是新型冠状病毒肺炎轻症可见到的；交并营卫而发，离原而表里分传。解于外为顺；若传于内，毒邪内陷则为逆。吴又可提出邪伏膜原的概念意在强调其半表半里的疾病性质，认为膜原“内不在脏腑，外不在经络，舍于伏脊之内，去表不远，附近于胃，乃表里之分界”，而历代医家大多认为其位于现代解剖部位的纵隔膜与横膈膜之间，具有屏障气血、保护脏气的作用。

至危重期，多因邪气直接伤及各脏腑，或湿阻、热郁、血瘀为患，脏腑气血运行不利，肺气暴闭，肺主一身之气不利，可以出现肺闭喘脱证，又有逆传心包者，邪盛正虚，即出现呼吸困难、低氧血症甚至神志昏蒙，严重者可快速进展为急性呼吸窘迫综合征（ARDS）、脓毒症休克，甚至多器官衰竭。此期更易见于老年患者。有学者曾对老年病毒性肺炎患者的中医证候等进行了研究，认为老年人正气本虚，若邪气偏胜，正气无力抗邪，致邪毒更易内陷，则可短期内出现阴阳、气血、脏腑功能迅速虚衰的表现，此即为急性虚证；更有汗、吐、下、失血后，正气更易迅速耗散，转至阳气暴衰者，临床亦有之。

恢复期气阴两伤、肺脾气虚者多见。对于素体阴虚患者，可因先天禀赋不足，或后天失养所致。现受邪毒侵袭，疫邪化热，热邪更伤阴津，正邪交争，耗伤元气，故出现气阴两伤。气虚则见乏力，气短，纳呆；阴伤则表现口干口苦，干咳，少痰，舌红少苔，脉细数等。

肺脾气虚亦是恢复期常见病机。新型冠状病毒肺炎之疫邪多兼湿邪，湿为阴邪，困脾碍胃，再加上气虚、阳虚、痰湿体质的患者，素体先天不足，又加后天失养，尤其岭南等地气候常年多雨潮湿，居民体质多脾虚夹湿，又加湿邪外侵，故脾虚湿盛患者较多见。至恢复期，大邪已去，元气恢复尚待时日，故脾气虚则胃纳差，腹胀满，大便无力或黏滞不爽；肺气虚则气短，倦怠乏力，胸闷；舌淡暗，苔白腻，脉细数，均为气虚表现。

恢复期仍有肺部炎症的病例，合并有余邪的一些表现，即余邪未尽。这是因为虽然大邪已去，但元气不足，无力祛邪外出，而余留湿、瘀、热等邪，然邪气不盛，故表现胸闷、咳嗽、痰少、纳差、腹胀、便溏、舌红或暗、苔稍腻等。因此，恢复期祛除余邪之时，亦应固护元气，补益阴液，扶正以祛邪。