咸丰十一年（公元1861年），皇帝身处木兰。春正月初一，皇帝驾临绥成殿接受朝贺。初二，下诏宣布二月十三日启程回京。初六，曾国藩上奏称杨载福率军剿匪，攻克都昌，解除南陵之围。田在田奏报捻匪进犯砀山，被击退，朝廷加授他提督衔。初七，召翁同书回京，任命李续宜为安徽巡抚。初八，任命福济为成都将军。十二日，贼军攻陷孝丰，杭州进入戒备状态。十三日，皇帝下诏：“新的纪年开始，应实行特赦，除那些通常赦免所不包含的罪行外，其余罪犯的刑罚都予以减除。”十四日，左宗棠率军收复饶州及都梁。十六日，恒福因病免职，朝廷任命文煜为直隶总督，谭廷襄为山东巡抚，邓尔恒为陕西巡抚，何冠英暂代贵州巡抚。十八日，僧格林沁奏报捻匪窜入山东，他派军追击，在菏泽交战失利。皇帝下旨：“僧格林沁督率重兵，北方地区倚仗他作为屏障。却以饥饿疲惫的士卒，追击正处于势头上的贼寇，且无援军接应，失败也是必然。虽勇往直前，但未能稳重行事。望其淘汰老弱、选拔良将，扼守要害、严密布防，谋划周全后再行动，切勿再轻易冒进。”十九日，皇帝下诏给袁甲三等人：“捻匪裹挟良民，不可一概诛杀，应恳切晓谕民众，想办法分化瓦解。投诚者免罪，杀敌者按功行赏。并传告李世忠一同进行招抚。”二十二日，贵州官军收复独山。二十三日，翁同书奏陈招抚的团练首领苗沛霖在寿州劫掠扰乱，行为跋扈。皇帝下诏让李续宜酌情处理。河南捻匪窜扰东明、长垣。
二月初一，云南官军收复晋宁。初四，重新设置奉天金州水师营。初八，皇帝下诏准许山东归还法国教堂地基，并敕令各直省遇到类似交涉事件，应立即酌情办理并奏请旨意，不许推诿。初九，张玉良率军攻克江山、常山。十二日，曾国藩奏报左宗棠在景德镇击败贼军，鲍超在石门洋塘击败贼军。十四日，浙江官军收复富阳。热河朝阳的盗匪攻陷城池，皇帝命克兴阿前往围剿。朝廷命明谊、明绪会同勘察俄国边界，英蕴、奎英负责办理与俄通商事务。捻匪攻打汶河，副都统伊兴阿、总兵滕家胜迎战，不幸阵亡。十五日，陈玉成纠合捻匪从英山进犯湖北蕲水，皇帝下诏命胡林翼回师迎击。二十日，皇帝下诏：“此前已降旨确定回京日期。但近十日来，朕身体尚未恢复。回京之事，等到秋季再降旨安排。”二十二日，朝鲜国王派遣使者到皇帝驻跸之处朝见。皇帝温言下诏阻止，并赏赐使者绸缎、珍奇器物。二十三日，皇帝下诏挑选兵丁演练俄国送来的枪炮。二十四日，裁撤黑龙江团丁，让其归乡务农。
三月初一，皇帝下诏授予派办条约的大臣崇纶、崇厚全权，可相机行事。敕令侍郎成琦前往兴凯湖，会同勘察与俄国的分界事宜。授予道员联捷四品京卿，负责河防事务。初四，恭亲王奕请求前往皇帝驻跸之处请安。皇帝亲手写诏书回复：“分别已有半年，时常想与你当面交谈。只是近日咳嗽不止，还时有痰中带血的情况，仍需静心调养，不宜多说话。等秋季再当面详谈。”初八，皇帝下诏皇长子于四月七日入学，任命李鸿藻为师傅。初十，都兴阿奏报镇江、扬州的水师船只年久损坏，请求朝廷饬令广东购买红单船以供使用，皇帝批准。十二日，命胜保督办直隶、山东剿匪事务。任命贾臻暂代安徽巡抚。二十二日，英、法两国军队撤出广东省城。二十三日，任命前大学士彭蕴章暂代兵部尚书。二十六日，浙江贼军攻陷海盐、平湖、乍浦，副都统锡龄阿战死。二十八日，广西土匪攻陷太平府、养利州。
夏四月初一，严树森奏报贼军进犯汝宁，道员张曜将其击退。初十，山东捻匪、教匪接连攻陷馆陶等七个县。僧格林沁进入滕县坚守，皇帝下诏命胜保分兵救援。十六日，皇帝下诏：“朕听闻各地办理捐输，有指捐、借捐、炮船捐、亩捐、米捐、饷捐、堤工捐、船捐、房捐、盐捐、板捐、活捐等众多名目，办事人员繁杂。实际上，从民众手中收取的多，上缴国库的少。近年来军费开支巨大，不得已借助民力、商力。但必须保证每一分钱都用在公事上，节俭使用，才能真正发挥作用。若如此无节制地征收，剥削百姓，还算什么政体？各位大臣、督抚，务必严密稽查，铲除奸邪贪腐之人，以符合朕的心意。”十七日，左宗棠在乐平击败贼军。二十二日，山东教匪围攻大名，联捷将其击退。二十五日，安徽贼军再次窜入浙江，攻陷常山、江山，进而逼近衢州。
五月初九，田在田奏报苗练进犯符离，皇帝敕令僧格林沁分兵救援。初十，邓尔恒在曲靖被杀害，皇帝饬令刘源灏查办此事，任命瑛棨为陕西巡抚。十六日，胜保奏报收复馆陶。十七日，命贾臻、李世忠协助办理袁甲三的军务。二十日，命多隆阿协助办理官文、胡林翼的军务。二十一日，贼军攻陷浙江寿昌、金华、龙游、汤溪、长兴，接着又攻陷兰溪、武义。皇帝下诏催促左宗棠前往救援。
六月初一，发生日食。初三，曾国藩、胡林翼上奏：“安庆省城自被我军长期围困，逆贼首领陈玉成率领党羽回援安庆，在集贤关外赤冈岭修筑四座坚固营垒。经鲍超、成大吉会合多隆阿的马队奋力进攻，日夜轰击。五月初一，三座营垒的贼军投降。释放被裹挟的人员，将长发老贼全部处死。盘踞第一座营垒的贼首刘沧琳，乘夜潜逃。后被鲍超在马踏石歼灭，其余残部也被水师斩杀殆尽，还将刘沧琳验明身份后肢解示众。”皇帝下旨嘉奖。普鲁士（布鲁斯亚国）与清廷换约通商。初四，准许俄国人在库伦、恰克图通商。初八，钦天监奏报八月初一将出现日月合璧、五星联珠的天象。皇帝下旨，此事不必载入史馆。十七日，贼军攻陷浙江遂昌、松阳、永康。十九日，回匪侵扰喀什噶尔，皇帝下诏命景廉前往阿克苏防剿。二十九日，浙江官军收复长兴。
秋七月初一，皇帝下诏：每年秋季，王公前往祭祀东西两陵，若遇山水暴涨，可在途中等候，道路通行后立即前往。若到期未能赶到，由守护陵园的贝勒、公等代为行礼。初八，曾国藩奏报收复安徽徽州。十二日，为在四川阵亡的侍卫昭勇侯杨炘建立祠堂。
十五日，皇帝身体不适。十六日，皇帝病情急剧恶化，召王大臣记录朱谕，立皇长子为皇太子。十七日，皇帝在行宫驾崩，年仅三十一岁。十月，皇帝灵柩被移往京城。十二月，恭敬地为皇帝上尊谥。同治四年九月，皇帝葬于定陵。
史论道：咸丰皇帝遭遇艰难时运，处于内忧外患交织之际。列强强迫签订不平等条约，国内起义不断，在位十二年，竟无一日安宁。然而他能够任用贤才，洞察局势并积极应对。在赋税方面，严禁苛捐杂税；治军时，谨慎把握统御之法。朝廷大臣的任用安排，皆出自他的谋划。倘若他能多在位几年，又怎会有后来的诸多隐患呢？